1723年（雍正元年），丽江实行“改土归流”，朝廷委派流官任知府，降木氏土知府为通判。接着实行“移风易俗”。1856年（咸丰六年）至1872年（同治十一年），杜文秀在蒙化（今大理巍山）发动回民起义，在鹤庆、丽江、剑川、中甸一带往来厮杀，据《丽江府志》记载：“丽邑子弟毁于王事者统计六千数百人，百姓死者十之二三。”这是丽江历史上的“乱世十八年”。